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Des ferries traversent le Golfo de Nicoya pour relier la côte pacifique centrale au sud de la Península de Nicoya.
Le ferry Countermark va du Port de Puntarenas à Playa Naranjo 4 fois par jour. Le ferry Peninsula circule toutes les 2 heures entre Puntarenas et Paquera, avec une correspondance en bus pour Montezuma.
Dans le Golfo Dulce, un ferry pour piétons relie chaque jour Golfito à Puerto Jiménez sur la Península de Osa et un bateau-taxi dessert Playa Zancudo en semaine. De l'autre côté de la Península de Osa, des bateaux-taxis relient la Bahía Drake à Sierpe.
Sur la côte caraïbe, un service combinant bus et bateau relie plusieurs fois par jour Cariari à Tortuguero, tandis qu'un autre relie Parismina à Siquirres.
Des bateaux quittent Moín (près de Puerto Limón) pour Tortuguero, mais il n'existe pas de service régulier.